São órgãos nacionais do MIC a Assembleia Geral, o Conselho de Membros Fundadores, o Conselho Geral, o Conselho Fiscal e a Comissão Coordenadora.

Até às primeiras eleições, as funções coordenadoras são desempenhadas pela Comissão Instaladora designada na Assembleia Geral Constituinte de 27 de Maio de 2006. A missão da Comissão Instaladora cessa com a posse dos órgãos sociais do MIC eleitos em Assembleia Geral.

Manuel Alegre e as pessoas que participaram directa ou indirectamente na Assembleia Geral de 27 de Maio formam o Conselho de Membros Fundadores.

A Comissão de Redacção foi constituida por oito membros do Conselho de Membros Fundadores designados por unanimidade, sob proposta de Manuel Alegre, na Assembleia Geral de 27 de Maio, para preparar a versão final da redacção dos Estatutos aprovados na generalidade naquela data, também por unanimidade. A sua missão terminou com a aprovação final global dos Estatutos, que teve lugar em 8 de Julho de 2006.